自雍正對西南少數民族實行「改土歸流」後，「流官」對苗族勞苦大眾進行殘酷的壓迫和剝削，苗漢地主也競相以舉放高利貸和出租土地等方式盤剝苗民，他們以錢穀放帳，一二年間就加息數倍。窮苦農民無力償還，只得用田地、衣服抵債，淪落為佃戶，有的甚至賣兒賣女。階級矛盾空前尖銳，反封建的鬥爭不斷發生。
乾隆五十八和五十九年（1793年和1794年），湘西、黔東遭造旱災，但官府的賦稅、徭役及苗漢地主的地租、利息有增無減，民怨沸騰。到乾隆六十年（1795年），處在水深火熱中的苗族人民的反抗怒火總爆發，發動了湘黔農民大起義。
這次起義的發難者是石柳鄧。他在1794年率領松桃苗族人民支援四川秀山縣青龍坉漢族人民反抗土司的鬥爭後，在本年十二月約會石三保、吳半生、吳隴登等到鳳凰廳鴨保寨秘密集會，商定第二年正月二十三日，貴州松桃、湖南永綏（永順）、鳳凰、乾州等地苗族人民同時起義。由於事機不密，起義計劃為清朝官吏覺察，石柳鄧便於正月十八日樹立起「統兵元帥」的旗幟，提出「逐客民（漢族地主），復故地」的鬥爭口號，領導松桃苗族人民提前起義，圍攻廳城和正大營、盤石汛的清兵。乾州廳平隴吳八月，以「窮苦兄弟跟我走，大戶官吏我不饒」作口號，領導苗族人民攻打廳城。永綏廳黃瓜寨石三保領導苗族人民包圍廳城，用刀指著清朝的官吏，大聲喊道：「問你太爺們！妄憑苗子來告狀，還要規矩錢八千八百否？」鳳凰廳蘇麻寨吳半生也領導苗民殺死清朝總兵明安圖、副將伊薩納等。乾州三岔坪吳廷舉率領苗民攻克乾州城，擊斃同知宋如椿等清朝官吏弁兵。各地苗族和布依族、土家族人民紛紛響應，兩三個月內，起義軍的活動範圍擴大到東起沅江，西接秀山、酉陽，南至麻陽，北至永順、古丈的廣闊地區。起義軍所到之處，嚴厲懲處了罪大惡極的清朝官吏和漢、苗地主，使苗族的「百戶無一生者」。大滅了地主階級的威風，大漲了人民群眾的志氣。
清朝統治者對苗民起義極為恐慌集中雲貴、湖廣和四川等七省兵力，共十餘萬人，在雲貴總督福康安統一指揮下，一齊向起義軍撲來。福康安帶兵自南向北，四川總督和琳帶兵自西而東，湖廣總督福寧帶兵從北向南，分兵合圍，企圖將苗民大起義一舉殲滅。義軍面對強大的敵軍，依靠群眾的力量和有利地形，開展「其來我去，其去我來」的游擊戰爭，並在鳳凰廳的烏草河、廖家沖一帶阻擊了福康安部的進犯，在乾州廳狗爬岩殲滅了福寧部六千人，然後乘勝攻克浦市，進攻鎮竿營和永順、保靖、瀘溪等地，挫敗了清軍的攻勢。八月，各部義軍推舉吳八月為王，領導起義軍各部抗擊清軍，聲勢更加浩大。
在乾隆六十年（1795年）上半年，請均處於被動挨打的局面，福康安一面以「暴雨山潦漲阻」為辭，掩蓋自己的無能，欺騙朝廷，一面以加官封爵賞給鹽糧、布帛等手段收買起義隊伍里的地主分子，分化起義軍。在金錢官祿的利誘下，吳隴登（原鴨保寨百戶）投降清朝，並於十一月出賣了苗民起義的傑出領導人吳八月，削弱了革命力量，使苗民起義陷入困難階段。
嘉慶元年（1796年）五月，清政府指示和琳接替因病死去的福康安為清軍統帥，將漢族地主侵占的苗地，償還給降苗，加強了政治攻勢。在這極端困難的形勢下，起義軍在石柳鄧、石三保和吳八月的兒子吳廷禮的領導下繼續堅持戰鬥，先後在天星寨、結石崗、燕子岩等地打敗清軍，並懲處了叛徒吳隴登。但石三保不幸被土家族叛徒張子貴誘捕殺害。使起義軍又一次受到重大損失。
平隴失陷後，義軍殘部退入山中，武裝起義處於低潮。嘉慶二年（1797年）三月，清廷把軍隊主力調往湖北、四川去鎮壓白蓮教大起義。但苗族等少數民族人民的反抗鬥爭並沒有停止，這年三月，布依族王囊仙發動武裝起義，1798年六月，鎮竿右、前兩營附近無業苗民數千人搶割田禾，發動武裝起義，展開爭奪土地支配權的鬥爭。他們既反對清政府在屯田名義下的霸占土地，也反對苗漢地主的反攻倒算，戳穿了清朝「苗地歸苗」的謊言，給封建統治者一沉重打擊。
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